朝から勉強しました。

欲張って、ひとつのページにprototype.jsもjQueryを使うThickBoxも両方使おうとしたら、
怒られちゃいました；　；

コンフリクトを起こしてうまく機能しない (参照: prototype.jsとThickBox(jQuery)がコンフリクト｜blog｜たたみラボ)。 が、jQueryの$-functionをOverride(参照: Using jQuery with Other Libraries - jQuery JavaScript Library)して多少細工をすれば共存できる。

というのが、載ってました。

prototype.jsとThickBox(jQuery)のコンフリクトを防ぐ方法

■htmlのscriptタグなどにjQuery.noConflict();を記述。

<script type="text/javascript">

jQuery.noConflict();

</script>

■thickbox.jsの中身を以下の置き換え手順をやれば、共存できると。

正規表現で$を使ってるところが一カ所あるので、
1.　"$(" を "jQuery(" で全置換
2.　"$." を "jQuery." に置き換える

という手順でいくと間違いないようです。

うまくいきましたv(≧∇≦v)三(v≧∇≦)v

記事を書いてくださったYusukeさん、コメントで細かな手順を解説してくださったkennさん、ありがとうございました！！！