onclickを使うポップアップ
onclickを使わずclassでポップアップさせるjavascript

とか色々書いてきましたが、
Dreamweaverのテンプレートで管理するHTMLの場合、

onclick="window.open('popup.html', '', 'width=650,height=800')

のようなonclick内にパスを記述することになり、結果、 DW特有の階層ごとにパスの書き換え機能が使えなくなってしまうんですねー。

絶対パスで書くのもナンセンスですし
ルートで書こうにもファイルサーバやローカルで作業する場合はかなり無理です。

なので、DWに階層を理解してもらいつつ、
onclickのポップアップを実現させたい、という方法。

■javascript

function dummy(url){
var dummyWin = window.open(url, "", "width=600, height=600, left=100, top=100, scrollbars=yes");
dummyWin.window.focus();
dummyWin.document.close();
}

■HTML

<a href="../dummy.html" onclick="dummy(this.href); return false;">リンクテキスト</a>

↑こうすれば、
パスはhref属性に記述するのでDWも理解してくれて、階層ごとのパスの書き換えもうまくいきます。